昆明城投公司設股東會、董事會、監事會和經理層。內設黨群工作部、董事會辦公室、綜合部、財務管理部、資本運營部、紀檢監察室、法務審計部、工程部、安全生產部、資產管理部、產業發展部、投資部、土地部13個職能部門。

共有一級全資子公司11家，一級控股子公司6家，二級控股子公司1家，參股公司26家。